Négy évvel később a kazamatáiba bevonulhatott az osztrák katonaság, akiknek ágyúi fenyegetően néztek a túlparti Pest városára. Az osztrák tüzérség csak egyszer kapott itt munkát, amikor Ferenc József születésnapján díszlövéseket adtak le. Az erődrendszer többi része sohasem készült el, az „utolsó védőbástyát” végül Komárom városa köré emelték. Ennek ellenére a Citadella egészen 1899-ig a magyarok szemében a zsarnokság és az abszolutizmus szimbóluma volt, ugyanis ebben az évben vonult ki a katonaság a falai közül.
A későbbiekben még egy alkalommal, a II: világháborúban használták az épületet katonai célokra, ekkor Budapest védelme érdekében egy háromszintes légvédelmi bunkert hoztak létre belsejében. Kazamatáiban raktárakat és sebesültellátó helyet rendeztek be, amelyek egy kiállítás keretében később egy ideig a nagyközönség számára is megtekinthetők voltak. A Citadella 1987 óta az UNESCO Világörökség része. Az erőd épülete belülről jelenleg nem látogatható, azonban állandó szabadtéri kiállításai és a pazar panorámája miatt környékét a mai napig szívesen keresik fel a turisták.